Publié le : 01 juin 2021
DATE : 26/05/2021
REFERENCE : MINSANTE N°2021-72
Face à l’émergence de variants du SARS-CoV-2, une stratégie de criblage systématique des résultats positifs est mise en œuvre. Cette stratégie a pour objectif de permettre une intervention précoce et renforcée autour des cas porteurs de mutation d’intérêt ayant un impact clinique ou épidémiologique. Depuis le mois de janvier, la nécessité de rechercher le variant B.1.1.7 a conduit à développer des tests permettant de rechercher la mutation N501Y et la délétion 69-70 afin d’évaluer sa circulation. De plus, la menace liée à l’apparition et à la diffusion des variants B.1.351 et P.1 a conduit à développer des tests recherchant la mutation E484K retrouvée également sur certaines souches du variant B.1.1.7. Désormais, l’évolution de la distribution des différentes souches de SARS-CoV-2 présentes sur le territoire national et l’émergence de nouveaux variants préoccupants (VOC) ou d’intérêt (VOI) conduit à faire évoluer les cibles des tests de criblage. Il convient dorénavant que le système de criblage soit centré autour de la recherche des mutations significatives et non des variants (dont la nature peut être précisée par le séquençage). Dans le cadre de cette stratégie, les mutations à rechercher sont prioritairement celles ayant des conséquences fonctionnelles importantes et donc responsables d’une modification des caractéristiques clinico-épidémiologiques du virus tels que : échappement immunitaire, augmentation de la transmissibilité ou de la gravité.
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